三代测序产品相继落地 给临床带来什么改变 ​

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三代测序产品相继落地 给临床带来什么改变 ​ 6月30日,贝瑞基因(000710.SZ)公布了其三代SMA(脊髓性肌萎缩症)测序产品的临床研究成果。6月20日,其三代CAH(肾上腺皮质增生症)测序产品

三代测序产品相继落地 给临床带来什么改变 

 

6月30日,贝瑞基因(000710.SZ)公布了其三代SMA(脊髓性肌萎缩症)测序产品的临床研究成果。6月20日,其三代CAH(肾上腺皮质增生症)测序产品也公布了最新的临床研究成果。更早之前,其三代地中海贫血基因检测产品也已经落地,这些产品都针对遗传病筛查。

相比传统的一、二代测序技能,三代测序为基因职业打开了一扇全新的大门,也将技能优势拓宽至更多场景,运用于更广泛的带着者筛查,帮助出世缺点精准防控。

三代测序

相比二代测序技能,三代测序有何改进?

贝瑞基因三代事业部总监任志林向经济调查网打了个比方,如果把测序看成是“盲人摸象”,传统的一代、二代测序仪,它的测序读长很短,视界很窄,每次只能看到巴掌块大小的当地,相当于每次只摸到大象的脸或者屁股,而且“你去摸大象的脸和摸它的屁股,手感也差不多,这时候是分不清楚的”。

而三代测序的好处是,不是“盲人摸象”了,能够看到大象,相当于直接给大象拍了一张完整的相片,有全体信息以后,测序的读长很长,一眼看过去就知道这是头大象,“一起我还有细节信息,景深也很好,还能摸到大象脸上的皱纹”。

任志林说,上述三种疾病——脊髓性肌萎缩症、肾上腺皮质增生症和地中海贫血,这些疾病有一个一起的特色,它的基因比较大,是一头大象,一起它有许多杂乱的结构,通过一小段一小段去测,会呈现测不准的问题。

比方地中海贫血,公认的致病性变异已经有上千个,类型杂乱。以往用一代、二代测序是检测点骤变,但在地中海贫血这个病里面,点骤变只占其中一部分,还有许多大片段的缺失、杂乱重组,一小段、一小段测下来,无法检测到这些杂乱的变异。

任志林称,三代测序具有超长读长、无GC偏好、对高度重复等杂乱区域也能够准确测序等技能优势,基本上完成首次用一种办法一次性全面解决某一疾病的一切变异类型,而且相关于传统办法,它的技能本钱没有明显增加,可能稍微增加一点点。最终的市场价格对老百姓来说是可及的。他判断2025年,三代测序将完成与二代测序本钱持平。

三代SMA

去年底,用于医治SMA的“天价药”诺西那生钠注射液归入国家医保,每支价格从70万元直降到3.3万元,引发热议。

因“天价救命药”屡屡登上热搜的SMA,全称是脊髓性肌萎缩症(Spinal Muscular Atrophy),这是一类由脊髓前角运动神经元变性导致肌无力和肌萎缩的遗传性肌肉疾病。SMA为婴幼儿中第二常见的致死性常染色体隐性遗传病,人群带着率为1/72-1/47,发病率为1/10000-1/6000。

虽然SMA医治药物已归入医保,但其终生医治费用对大部分家庭而言依然非常昂贵,且患者的医治为批改医治,不能彻底治愈,因此SMA带着者筛查才是最有效的应对方法。

6月30日,贝瑞基因向外界公布了三代科研的最新进展,其参加完成的三代SMA(脊髓性肌萎缩症)临床回忆性研究成果,近期发表于分子确诊范畴威望世界学术期刊 Journal of Molecular Diagnostics(即时IF=5.568)。

研究显现,贝瑞基因三代SMA相比qPCR、MLPA等传统检测办法,覆盖更全面,检测更精准。

据了解,SMA带着者分三种状况:91-94%的带着者只有一个正常功能的SMN1复制(1+0),2-5%的带着者含有两个SMN1复制,但其中一个包括致病点骤变(1+1D),另外4%为缄默沉静型带着者,即有两个SMN1复制,但都坐落同一条染色体上(2+0)。现在qPCR、MLPA等传统基因检测办法无法检测1+1D和2+0带着者,残余风险最高可达1/415(1/1245-1/415)。

任志林表示,贝瑞基因开发出三代SMA基因全面检测(Comprehensive analysis of SMA, CASMA)技能,全球首次完成SMN1及SMN2基因近30kb全长序列的高效率三代HIFI测序。CASMA还能一起检测SMN1及SMN2基因复制数、全基因范围内致病性SNVs及Indels,并主动提示缄默沉静型“2+0”的带着风险。

此次三代SMA回忆性临床研究中,CASMA一次性精准检测了一切337例样本的SMN1及SMN2基因复制数,对SMN1复制数缺失的检测灵敏度高达100%。CASMA还成功检测出4例会被qPCR、MLPA等传统办法漏检的SMN1基因点骤变带着者(1+1D)。

通过专利剖析办法,CASMA直接预测出全部7例(来自4个家系)已知“2+0”型带着者。数据显现,CASMA能改进SMA患者基因确诊及预后判断,提高SMA新生儿基因筛查效率,将带着者检出率从91-94%提高到98%以上,一起将残余风险降低4-5倍。

“两条途径”

在三代SMA之前,由贝瑞基因提供技能支持的三代CAH(先天性肾上腺皮质增生症)临床回忆性研究成果,也发表于查验医学范畴威望世界学术期刊Clinical Chemistry(即时IF=11.784)。

更早一些,2021年上半年,贝瑞基因发起了地中海贫血基因图谱(TiGA)计划。2021年7月,由贝瑞基因提供技能支持的三代地贫多中心临床前瞻性研究成果在The Journal of Molecular Diagnostics 上发表。

三代测序临床科研成果相继出炉,还有21台 PacBio Sequel II/IIe 三代测序仪雄厚储备的加持,贝瑞基因的三代地贫、三代CAH、三代SMA等产品相继落地。

具体来说,三代地贫检测试剂盒近期取得医疗器械注册道德批件,进入临床试验阶段。三代CAH和三代SMA技能在2022年拿到发明专利证书。

关于基因测序职业,现在世界上主流的监管方法为按照LDT形式(Laboratory Developed Test,实验室自研检测)监管。

2021年6月1日起实施的最新修订的《医疗器械监督管理条例》明确:“对国内尚无同种类产品上市的体外确诊试剂,符合条件的医疗组织根据本单位的临床需求,能够自行研制,在执业医生指导下,在本单位内使用。

这是法律法规层面首次赋予LDT形式合法的身份,从法律法规的角度支持了以第三方检测为主要商业形式的立异型检测项目开发企业。

现在国内多数基因检测企业都是两条路并行,除了LDT形式,还有一种形式是像药品、器械一样走IVD(体外确诊)产品审批途径。

任志林告诉经济调查网,职业内每一个新推出来的核心技能产品,都会走过一个从LDT到IVD的路程,由于不是一推出来就有注册证。贝瑞基因的三代测序未来走LDT仍是IVD的形式,会有短期、中期、长时间之分。

“首先,从现实状况来讲,国家药监局批这些立异技能注册证的时间周期相对较长,需求2~3年。当然咱们有些产品已经在2~3年的途径里,行程已通过半了,比方三代地贫。三代CAH、三代SMA这些本年都会进入这条途径。因此,产品在未被正式获批之前, 暂时以LDT的形式,各个组织有需求,他们把样本送到查验所进行检测。” 任志林说。

但是,到中期产品拿到注册证以后,贝瑞基因一定会走IVD形式,把平台、试剂、软件及全体服务计划、产品计划销售给医院或者第三方检测组织,让每一个有能力的组织都能用上三代测序的完整解决计划。

更远一点,长时间来看,一定是IVD和LDT并行的形式,实验室在IVD基础上用有证平台和试剂,通过本地实验室的性能确认后,能够自己拓宽检测更多位点,“有了IVD,还能够结合LDT的形式把事情做得更好”。

 

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